A região de Moncarapacho parece ter vestígios que cobrem o Paleolítico Inferior e Médio, bem como o período Mesolítico e que datam entre 2,6 milhões e 12.000 anos antes do presente.
A partir do momento em que se fixam neste território pequenas comunidades, assistimos a um contínuo povoamento até aos dias de hoje, alicerçado na sua posição geográfica e nas características geomorfológicas existentes: abrigos naturais, abundância de recursos hídricos, terras férteis, uma faixa marítima propícia ao marisqueio, à pesca e à salinicultura.
No Neolítico Final e Calcolítico (IV e III milénio a. C.) já se praticava, pontualmente, alguma horticultura de regadio, nomeadamente nas imediações do ribeiro do Tronco, regularmente sujeitas a inundações. A maioria dos habitantes dedicava-se à agricultura de sequeiro de cereais (trigo e cevada) e de leguminosas (favas e ervilhas). A criação de gado, assim como a caça e o marisqueio nos vizinhos sítios de Bias e de Quatrim faziam parte do seu modo de vida.
São vários os testemunhos que identificam os sítios com vestígios de enterramentos (no cerro da Cabeça, na Foupana, na Barria, nas imediações do poço da Amoreira e em Bias).
Entre os múltiplos artefactos de pedra encontrados: machados de pedra polida, enxós, goivas, facas ou adagas, braçais de arqueiro (apetrechos relacionados com a utilização do arco e flecha), pontas de projétil destinados à caça, lâminas e lascas de sílex, sobressaem os chamados ídolos de Moncarapacho, com representações radiadas, sobrancelhas, tatuagens faciais e cabeleiras onduladas. O facto de terem sido descobertos pela primeira vez em Moncarapacho, deu origem à designação ídolos de tipo Moncarapacho.
Do último quartel do II milénio a.C. (ca 1200 - 1000 a. C.), correspondendo à Idade do Bronze Final, existiu na gruta da Ladroeira Grande, no cerro da Cabeça, um santuário subterrâneo, onde foi descoberto um conjunto de fragmentos de recipientes de cerâmica.
A partir da segunda metade do I milénio a. C., a freguesia de Moncarapacho é frequentada por povos provenientes do Mediterrânio, nomeadamente gregos, fenícios e posteriormente púnicos, apontando-se diversos elementos que contribuíram e alguns dos quais atestam essa presença:
-O cerro de São Miguel como marco visual na orientação das rotas de navegação na costa algarvia, identificado por alguns estudiosos com o cabo habitado pelo vento Zéfiro, divindade da fertilização vegetativa pelas águas.
-O estuário do rio (atual ribeiro do Tronco) e na sua proximidade uma barra de acesso ao mar e um canal de água salgada, mais tarde denominado rio de Bias, com um excelente porto que permitia uma segura ancoragem das embarcações e possibilitava a aquisição de alimentos e de água. No sítio de Bias é possível ter existido um pequeno estabelecimento púnico. Lembramos que o oppidum ou a cidade pré-romana de Ossonoba, fundada pelos turdetanos, tinha como principal entrada o porto de Bias.
- No referido lugar de Bias, já habitado na Idade do Bronze Final, passava um dos caminhos pedonais, que aparentemente coincidem com o traçado de vias romanas, designadamente o que percorre o litoral, entre Baesuris (Castro Marim) e Ossonoba (Faro).
-O fragmento de uma pequena epígrafe em xisto, encontrada em Alfanxia, com escrita do Sudoeste (uma das seis escritas pré-romanas peninsulares, que vigorou entre os séculos VII e V a. C.).
-Uma pequena escultura de terracota, também proveniente de Alfanxia – Murtais, representando uma divindade feminina, possivelmente utilizada no contexto de rituais e do culto funerário, associada à religião cartaginesa, que continuou a ser venerada nos territórios onde persistiu a cultura púnica, neste caso concreto nas imediações do porto de Bias.
-A permanência de topónimos derivados de radicais fenícios, a saber, Atabueira, Cabeça, Lavajo e Moncarapacho.
-Por outro lado, o antropónimo Lacon, existente numa ara romana descoberta a não muita distância de Alfandanga, pode ser de origem púnica.
Foi intensa a presença romana na freguesia de Moncarapacho, incluindo na aldeia (vicus), cujos eixos viários estão orientados de Nascente a Poente e de Norte a Sul, como era comum no urbanismo romano. O facto de Moncarapacho ficar num nó viário que ligava Balsa (Luz de Tavira) a Ossonoba (Faro) e a Pax Julia (Beja) possibilitou a sua afirmação, sendo múltiplos os vestígios arqueológicos encontrados em toda a freguesia respeitantes a habitações, azenhas, troços de calçada, incluindo um marco miliário (o único descoberto no Algarve), sepulturas, olarias, objetos em cerâmica, numismas, adereços de vestuário, etc.
É possível que a localidade de Statio Sacra, mencionada num itinerário escrito no século VII, corresponda a Moncarapacho ou a Bias, atestando a importância desta freguesia na época tardoromana.
Algumas sepulturas descobertas na Moita Redonda e também no sítio da Cabeça, eventualmente do século V, são testemunhos de práticas funerárias de cristãos, pertencentes à plebe ou parochia de Moncarapacho, integrada no bispado de Ossonoba.
Ligeiramente afastado do vicus ou aldeia de Moncarapacho, foram encontradas no sítio dos Sobrados diversas sepulturas escavadas na rocha, de tipo não-antropomórfico, do século VII (da época visigótica), junto a um importante eixo viário que ligava Balsa a Ossonoba. O número de sepulturas encontradas e destruídas (cerca de trinta) atesta a vitalidade desta comunidade, com cerca de duas centenas de habitantes. A muito provável existência de mais sepulturas aumentaria substancialmente aquele número.
Entre os testemunhos mais visíveis da prolongada presença islâmica na freguesia de Moncarapacho avultam quatro torres de vigia, uma delas ainda em razoável estado de conservação. Para além das lendas de mouros encantados que permaneceram no imaginário coletivo até aos nossos dias, existiram diversos locais de habitat, em maior número nas imediações de Moncarapacho, onde foram descobertas, não só estruturas subterrâneas adequadas para conservar cereais, mas também inúmeros numismas, incluindo um tesouro da época almóada. Individualizamos ainda diversos cântaros e alcatruzes, na sua maioria dos séculos IX - X, encontrados no poço da Hortinhola e a pia de abluções, outrora reutilizada na ermida de São Miguel, numa clara referência à existência de um local de culto islâmico nas imediações.
A existência de diversos topónimos moçárabes na freguesia de Moncarapacho (Cabeça, Foupana, Arroteia, Gião, Estiramantens e Amoreira) são um sinal evidente da presença de pequenas comunidades cristãs que viveram sob o domínio islâmico e mantiveram o idioma (linguístico, religioso e literário) dos seus antepassados, isto é, dos Visigodos.
A partir da conquista de Tavira aos mouros, em 1242 e da criação do concelho, na sequência do foral dado por D. Afonso III, em 1266, o lugar de Moncarapacho, muito provavelmente já existente, passou a estar incluído no seu termo, tornando-se filial da freguesia de Santiago de Tavira. Como tal necessitavam os moradores de se deslocar duas léguas para assistir aos ofícios religiosos praticados nessa igreja paroquial.
A dilatada distância a percorrer num só dia, o aumento do número de habitantes, ancorado na produção de bens agrícolas e sobretudo a gente honrada que residia em Moncarapacho ou nas suas imediações (tendo alguns participando ativamente na conquista de Ceuta, no reinado de D. João I), justificavam plenamente a criação da freguesia de Moncarapacho, separada de Santiago de Tavira. Esta separação veio a acontecer a 19 de junho de 1471, após o primeiro acordo ocorrido nos meados do século XV.
Convém, no entanto, mencionar que a freguesia de Moncarapacho passou a ficar incluída em dois termos, a parte ocidental pertencente a Faro e a oriental a Tavira.
Ainda subsistem alguns testemunhos da arquitetura religiosa. Dos nove templos outrora existentes na freguesia destacamos a igreja paroquial, cujo portal principal é o melhor exemplar do Renascimento no Algarve e a ermida do Santo Cristo, outrora uma obra de arte total, da primeira metade do século XVII.
Tendo em conta que em todo o país a população estava armada e enquadrada nas milícias das ordenanças e que tinha por obrigação participar em conflitos militares ou na defesa nas incursões dos corsários (então relativamente frequentes), na freguesia de Moncarapacho houve uma companhia de ordenanças. Em duas situações distintas estas milícias tiveram uma participação ativa.
Na primeira, ocorrida no dia 5 de outubro de 1637, revoltando-se contra o aumento de impostos, atacaram sem sucesso a cidade de Tavira, sendo obrigados posteriormente a pedir perdão pela ousadia.
Na segunda vez, na luta contra as tropas francesas, que então ocupavam o nosso país, participaram com coragem e determinação, em conjunto com os revoltosos olhanenses, num confronto vitorioso ocorrido, no dia 18 de junho de 1808, junto à antiga ponte de Quelfes.
A partir de 20 de abril de 1826, com a criação do concelho de Olhão, a freguesia de Moncarapacho foi integrada no seu termo. Nove anos depois, em 1835, seria desanexada do seu território a povoação da Fuzeta, que passaria a constituir nova paróquia, incluída no termo de Tavira e a partir de 1876 no termo de Olhão.
A 20 de junho de 1991, a secular aldeia de Moncarapacho foi elevada a vila pela Assembleia da República, pela lei n.º 85/91, de 16 de agosto. No ano seguinte, foi aprovada a Ordenação heráldica do brasão, bandeira e selo branco da freguesia.
Entre 2013 e 2025, no âmbito de uma reorganização administrativa do território, fez parte da União de Freguesias de Moncarapacho e Fuseta, voltando a partir desta última data a separar-se.

Francisco Lameira e Martina del Rio (síntese da monografia Moncarapacho. História e Património)